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シミュレーション実習のサイト

このノートについて

これは、シミュレーション実習の課題用のウェブサイトです。Google colaboratoryのノートブックへのリンクを貼っています。

Google colaboratoryについて

画面

ノートブックを開くと、上部に以下のような表示があります。

• 1番上の行：”ノートブックの名前”（拡張子は.ipynb）
• 2番目の行：メニューバー（ファイル/編集/表示/挿入/ランタイム/ツール/ヘルプ)
• 3番目の行：ツールバー（コード/テキスト）

公開ノートブックの使い方

このウェブサイトから以下のリンクで提供されるノートブックを開いて内部の各セルを実行することもできますが、 ユーザーのアクセスが集中すると、極端に実行速度が遅くなることもあります。そこで、ユーザーのみなさんは 各自のGoogle Driveにコピーしてノートブックを実行することを「強く」おすすめします。コピーを作るには 以下の手順を踏んでください。

1. 公開ノートブックをブラウザ上で開いた状態にする。
2. メニューバーの「ファイル」から「ドライブにコピーを保存」を選択する。
3. すると、「コピーを作成しています」というメッセージがノートブック最下部に表示される。
4. ノートブックの1番上の行に”ノートブックの名前.ipynb”のコピーと表示され、自分のドライブ上にコピーが作成されていることを 確認する。
5. そのままノートブック中の各セルを実行する。

注意

Google colabの利用にはいくつかの制限があります。たとえば、一度に多くのセッションを開いて作業すると「セッションが多すぎます」 というエラーメッセージが表示されることがあります。その場合、メニューバーの「ランタイム」から「セッションの管理」を開いて「他のセッションの終了」によってセッション数を減らす等の作業をしてください。

リンク

第１回：2025年4月14日

第２回：2025年4月21日

第３回：2025年4月28日

第４回：2025年5月12日

中間レポート課題：2025年5月12日

第５回：2025年5月19日

第６回：2025年5月26日

第7 回：2025年6月02日

第8 回：2025年6月09日

期末レポート課題：2025年6月09日

第９ 回：2025年6月16日

1. Normal Mode Analysis

2. Molecular Dynamics Simulation; Arantes P.R. et al. J. Chem. Inf. Model. (2021) 61, 4852-6

3. AlphaFold2; Mirdita M, et al. Nature Methods, (2022) 19, 679-682